第一年仍按3:1的比例隔行或隔株栽植四倍体与二倍体，但母本不去雄，自由传粉。这样从二倍体西瓜屮收到的种于仍为-倍体种子，从四倍体果实中收到的种子则有与二倍体杂交的三倍体种子，也有D交的叫倍体种子。这些种子可以从种子形态上加以区分。四倍体种了?通常比较饱满，嘴部较三倍体稍窄，种壳有浅裂痕或无裂痕？三倍体种子由于种胚发育不充实，麻以形态扁平，嘴部较宽，种壳上常、有较深的木栓质纵裂痕。用这样的鉴别方法剔出四倍体种子，选择可靠率一般为70%以上。
第二年再用混有三倍体和四倍体的种子栽培，选用另一个具有明显果实指示性状的二倍体作授粉品种，果实采收时根据果实形态或皮色的不同，可以很容易地区别出四倍体、三倍体及二倍体桌实。如四倍体品种为四倍体一号，第一年二倍体品种为华系24号，第二年二倍体为蜜宝，则第二年采收时瓜皮浅绿色的仍为四倍体果实，瓜皮有窄条纹的即为三倍体无籽西瓜，深墨绿色西瓜为二倍体蜜宝。第三年再改用华东24号为粉品种，采收时呈深绿笆的即为无籽西瓜。如此循拜往复，可以不需另设四倍体隔离留种田，也不需要人工去雄和辅助授粉等，在同一田块中即可年年获得二、三、四倍体种子。
有经验的栽培者虽只采用一个二倍体作授粉品种，根据无籽延瓜果实形态特征的遗传为中间型的特点，也可以正确区分二、三、四倍体果实D如以华东对号或都H号为父本，由于四倍体为浅绿和细网纹的瓜皮，二倍体与三倍体的瓜皮虽然都有细条纹，但三倍体的底色和条纹都明显地较二倍体为浅，且还常呈三棱形，易于区分。问样的理由以蜜。宝为父本的