西瓜杂交育种的方式可以从不同的角度进行分类
西瓜杂交育种的方式很多，可以从不同的角度进行分类。按西瓜杂交亲本间的亲缘关系远近可以分为近缘杂交和远缘杂交；按参与杂交的亲本数目及参与方式可分为成对杂交、三亲杂交、多亲杂交、回交及添加杂交(梯级杂交)等。其中西瓜最常用的是近缘成对杂交；许多高级的著名品种则大多是采用多亲杂交育成，而且其亲本中常包括远缘野生种在内。回交法是一种普遍采用的重要方式，特别在远缘杂交中常被采用。
(一)成对近缘杂交
参与西瓜杂交的只有两个(一对)亲本，且均属于同一个种(Citrullus lanatus)的不同品种。大多数杂交育成的西瓜品种都是采用这～方式获得的，在我国尤其如此。例如：早花(小花狸虎×旭大和6号)，兴城红(喇嘛瓜×旭大和6号)、中育一号(红玫×早花)、金夏(旭大和×久比利)等。
(--)三亲杂交和梯级杂交
如果采用成对杂交所获得的杂种后代的性状仍不能达到育种目标的要求，则需要引入第三个亲本的有利基因予以改进。例如日本的黄肉品种黄金旭都的杂交组合是[(三岛黄金×大和冰淇淋)×黄金]。如果三个亲本杂交仍不能满足育种要求，则需要添加第四个亲本继续进行杂交选育。我国新疆葡萄瓜类研究所选育的西瓜品种“火洲一号”即采用此处模式育成：
Klondike×本地夏西瓜
+
F4×蜜宝
+
F‘×伊吹
0
F9(育成新品种)
(三)多亲杂交
四个亲本以上的杂交属于多亲杂交(梯级杂交也是多亲杂交的一种特殊类型)。多亲杂交由于采用的亲本多，可以将更多的优良基因及其性状综合在一个杂种后代中，因而可育成具有多种优良性状的高级品种，尤其是在多抗育种中更为常用，这是现代育种中的一种高级形式，需要花费相当长的育种时间。日本从1955年开始进行西瓜的抗病育种，1961年育成可以耐三年连作的抗枯萎病西瓜品种富久光1号、2号。其杂交组合是((富研×美国野生种)×((Urimi×都系)的固定系]。美国Florida大学James，M．craIl和G．W．，Elmstrom经过15—17年的长期努力，先后育成高抗枯萎病及炭疽病，外观漂亮、果肉细致含糖量高、高产、优质、耐贮运的高级品种Dixielee和sugarlee。
(四)回交育种
将杂种后代与其亲本之一交配，称为“回交”(Back crcss)。回交的后代通常用Bc。、Bc。、Bc。等表示。在杂交育种中，可通过回交来加强亲本之一的优良性状，同时削弱另一亲本的不良性状，而最终达到育种的目标。回交育种通式([(A×B)×A。]×A：}×……A。……此公式可更简化为(R×N)×R。。式中的A称为“回原亲本”或“轮回亲本”(Recurrent parent，以R代表)即杂种与其回交之亲本品种。充当回原亲本的品种通常是一个综合性状优良品种，但缺乏一、两个特殊的理想性状(如抗病性等)，与另一亲本B杂交后．虽然得到了此理想性状，但本身原有的某些优良性状却同时变劣，因此便将杂种与A继续回交，以加强A之优良性状。式中的B，称为“非回原亲本”或“非轮回亲本”(Nonrecurrent Parent，以N代表)．充当非回原亲本的品种，其综合性状不一定是优良的，但它必须具有回原品种(A)所缺少的一、两个特殊的理想性状，这样与A杂交后，便可将其特殊的理想性状，引入A品种t|1．f{}通过与A之反复回交和选择，便可使A在原有优良性状基本保持不变的基础上，由于引入h的理想性状而得到显著改进。