西瓜大量的嫁接栽培试验表明
不同种类的砧木，其嫁接的亲和性都不一样，即使同一个种的不同变种或不同品种的表现差异也很大，因此，西瓜嫁接的亲和性是选择嫁接砧木的第一依据。除此之外，不同砧木品种的抗病性也不一样。
生产实践表明，南瓜抗病力最强，几乎能避过各种土壤病害；新土佐(笋瓜与中国南瓜的杂交种)的抗病力仅次于南瓜；葫芦砧木对防止西瓜枯萎病虽然不是绝对可靠，但比西瓜共砧或自根苗抗病力要强很多。另外，从西瓜枯萎病菌对不同瓜类侵染程度分析，其各种分化型的病菌(包括西瓜菌、黄瓜菌、丝瓜菌、甜瓜茵、葫芦茵五种)对瓜类都有侵柒，但侵害的严重程度不一样。因此，嫁接西瓜的砧木，应选择能避开西瓜菌和葫芦茵的品种。
西瓜嫁接苗品质的优劣直接体现在砧木品种上，这除了砧木与接穗在生理生化方面发生质的变化外，还与砧木品种的根系从地下吸收养分、水分的量有关。南瓜砧虽然在亲和性和抗病力都优于其它，但用其嫁接后苗易疯长，不易坐瓜，结出的瓜品质不佳，所以在生产上应用不多。葫芦(以勃瓜为好)砧虽然在抗病力方面没有南瓜砧强，但其嫁接亲和性以及坐瓜能力、商品瓜的品质、风味等综合表现远优于南瓜砧，是目前在嫁接生产上应用较多的砧木品种。近年来，日本又推出“连西”、“钝K”两个葫芦砧类的品种，用其嫁接西瓜，其综